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01 鲸鱼亲水广场
入口处的鲸鱼亲子亲水广场，以实际比例铸造的抹香鲸、座头鲸会定时的喷出水柱，造型维妙维肖，总是让每一位游客眼睛一亮，下水戏水。
02 大 厅
进入宏伟的玻璃门，挑高21公尺的大厅，天花板悬吊着鲸鲨、大章鱼、魟鱼、杀人鲸等逼真模型的布置教人耳目一新，彷佛置身热闹的海底世界；5层楼高的人工瀑布，气势磅礡，为馆内注入一股清凉的海底气氛。大厅左右两侧，分别为台湾水域馆、珊瑚王国馆，还有特展区、国际会议厅、海景餐厅、海洋礼品店。
03 台湾水域馆
以实景方式模拟台湾本岛及附近水域之生态环境，从涓滴到海洋、淡水到大洋，包括：入口瀑布区、高山溪流、河边溪流、水库、河流中游、河口、牡蛎养殖、岩岸潮间带、触摸池、儿童阳台、珊瑚礁谷、南湾珊瑚礁、探索鱼类、大洋池、保育水的世界等共15种展示主题。
04珊瑚王国馆
以南中国海绚丽色彩之海底热带珊瑚礁生态为展示主轴，展示台湾海域各种石、软珊瑚生态资源及孕育而生的珊瑚礁鱼（俗称热带鱼）生态。以一艘沈船为游馆的主题，长84米的海底隧道，宛如深潜入南中国海寻宝，观赏沈船里的事物，数十种活体珊瑚及200余种彩鱼，五颜六色的珊瑚礁鱼类来回穿梭在游客身旁以及巨型的珊瑚礁岩，不禁让人忘神地欣赏着瑰丽斑斓的珊瑚礁世界。
05海景餐厅
以海洋为主题的二楼自助餐厅，在享受美味可口的佳肴及餐点之余，观赏辽阔的海景，舒服的用餐，是餐饮、歇脚、赏景的最佳选择。国立海洋生物博物馆位于屏东县车城乡，垦丁国家公园西北角龟山山麓临海地区，依山傍海，以维护并保存完整的岛屿及海洋生态环境为职志。全区合计约60余公顷，主要设施可分为三个展示馆：台湾水域馆、珊瑚王国馆、世界水域。
交通 大众运输：
铁路信息
1. 西部纵贯铁路，于高雄站下车，在火车站转车(国光客运、高雄客运、屏东客运、中南客运)至垦丁，车次一天多班。
2. 南回铁路(自东部往高雄方向)，于枋寮站下车，再转车(国光客运、高雄客运、屏东客运、中南客运)至垦丁，车次一天多班。
客运信息
直达车： 高雄火车站－高雄机场－枋寮－海生馆－垦丁（沿途不停），每日三班。
区间车： 垦丁地区各大饭店－车城福安宫－海生馆。
从高雄可搭国光、高雄、中南等客运公司班车至车城，再搭出租车即可抵达。
自行开车：
1.由台北南下经高速公路末端往垦丁方向，接17号省道（即滨海公路），经水底寮后转入1号省道，过枫港接26号省道，至车城乡转入4-1景观道路（往后湾村），即可抵达。
2.由高雄走17号省道，经水底寮后转入1号省道，过枫港接26号省道，至车城乡转入4-1景观道路（往后湾村），即可抵达。
3.由台东走9号省道，经达仁，过枫港接26号省道，至车城乡转入4-1景观道路（往后湾村），即可抵达。门票开放时间：平日AM9：00至PM6：00（PM5：00停止售票）
假日AM8：00至PM6：00（PM5：00停止售票）。
（七、八月暑假期间AM8：00至PM20：00）
馆内另提供收费之语音导览服务，租用一次新台币50元。
