“孜珠”是藏音直译,意为六山峰顶,宗教上象征着六度波罗蜜。据称孜珠寺是由藏王穆赤赞布创建,到活佛罗丹念布时代,孜珠寺进行过一次扩建,并刻印经书、塑造佛像,孜珠寺初具规模。进入喇嘛嘎旺朗加时代,该寺的显密学经体系进一步规范化、制度化,使得孜珠寺的学经体系上了一个台阶。
在历代孜珠寺活佛和大师们的艰辛创业下,孜珠寺从建筑规模、僧人数量、学经体系和跳神风格等方面,都对昌都地区后来的宗教发展产生了重要影响。特别是当佛教在藏区大部分地区占了统治地位之后,苯教在以孜珠寺为中心的地区生存了下来,这使得孜珠寺在苯教寺庙中享有极高的声誉。
直到现在这个地区的大部分居民仍信奉苯教,孜珠寺也成为苯教文化的特殊圣地。
孜珠寺位于丁青县觉恩乡境内孜珠山上,离县城约45公里。